剧情叙述主角们打倒赛菲罗斯(Sephiroth),拯救星球免于巨大陨石的侵袭后两年,神秘的怪病「星痕症候群」在各地陆续传出病例。而主角克劳德(Cloud)在与爱莉斯(Aerith)死别后,便郁郁寡欢。某日突然出现了与赛菲罗斯有未知关联的神秘3人组,除了直接对克劳德造成威胁之外,还进行着一连串秘密的计划,将已回归各自生活的主角群们,再次的卷入风波中……