Phi-Brain是指拥有黄金比大脑之人,而主人公的大门界人则是Phi-Brain的候补者之一。在界人揭开贤者之谜和愚者之谜之后,便取得了Solver的指名。于是大门界人与两小无猜的井藤野乃叶以及其他拥有解答者身份的同伴们一同,与奥秘集团POG和Orpheus Order展开解谜对决。