继第一部危机解除后,主人公莫麟找回新的动力恢复往日星球活力。但好景不长,莫麟以天选者的身份再次感应到了祖后天工的指示。莫麟等人从四圣兽口中得知,海文星球将再次面临历史性的考验,一座上古时期的混沌古城,由于凶兽兵变,使其脱离了原有的运转轨迹,正在向海文星球疾速驶近。